「こどもオルガン研究所」は、「こどもたちにオルガンをもっと知って楽しんでほしい」という想いから始まった、夏休みにファミリーで楽しめる小学校低学年向けの公演です（4歳以上入場可）。国内外で活躍目覚ましい石丸由佳が、サントリーホールの「顔」として大ホールの正面に構える世界最大規模のオルガンを実際に演奏しながら、楽器の仕組みや音色の秘密、そしてオルガンを楽しむヒントを楽しいトークで解説します。
コンサート終演後には、小学校1～3年生を対象とした特別ツアーを開催。普段は見られないオルガンの中をのぞいたり、演奏台を間近で見たり、ステージの上でオルガンの響きを体感したりとオルガンの魅力をより一層味わうことができます（有料、事前申込・抽選制。定員20組40名）。
紀元前の昔から存在し、歴史の中で複雑な仕組みに発展を遂げて、今ではたった1台でオーケストラに匹敵するといわれるほど多くの音色を持つ、「楽器の王様」オルガンについて深く学べる、夏休みの自由研究にもぴったりの公演です。